במסגרת הפרויקט, עמותת "יד נפתלי" – מוסד תורני ותיק הפועל בבית שמש מאז 2004. העמותה עוסקת בהקמה וניהול של ישיבה, כולל אברכים, בית מדרש ובית כנסת, וכן בפעילויות קירוב רחוקים, גמ"ח לנזקקים, הקמת מרכז לימוד לסטודנטים ואנשי אקדמיה, ספריה מורחבת, פעולות לנוער, הקמת קרן הכנסת כלה והוצאה לאור של ספרים וקבצים תורניים . האתר החדש שנבנה עבור העמותה נועד לשקף את רוח הפעילות הענפה שלה, ולהוות פלטפורמה נגישה ועדכנית עבור הקהילה.